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La concesión de patentes a sistemas software es un tema controvertido porque las patentes no protegen una "obra" (como hace la legislación de propiedad intelectual) sino que establecen, durante un período de tiempo, un monopolio sobre una idea con aplicación industrial a quien la ha registrado.
Los detractores de las patentes sobre el software argumentan que cualquier programa informático está compuesto de millones de componentes (procedimientos, algoritmos,...) muchos de los cuales podrían ser patentables. Esto haría inviable un proyecto de software por parte de cualquier PYME o equipo de programadores que no contara con otras patentes para intercambiar con sus competidores (práctica habitual entre grandes corporaciones desarrolladoras).
Las personas implicadas en el movimiento de software libre advierten que el uso de patentes impediría el desarrollo de muchos proyectos que no pueden pagar licencia a costa de dejar de ser libres (libre distribución del programa, acceso al código fuente, posibilidad de modificación).
Desde un punto de vista social se argumenta que las patentes de software (y sobre medicamentos e ingeniería genética) privatizan el conocimiento acentuando las desigualdades sociales y geográficas.
Los defensores de las patentes de software argumentan que ayudan a potenciar la innovación, como en otros campos industriales, permitiendo al propietario de la patente beneficiarse de su monopolio y así rentabilizar la inversión en desarrollo.
Hasta ahora (2004) no hay en la Unión Europea la posibilidad de crear una patente sobre software, como se hace en Estados Unidos o Canadá. Pero la discusión para un sistema de patentes común de toda la UE ha abierto dicha posibilidad.
La UE empezó a debatir el tema y redactó una propuesta que fue aprobada por la Comisión y llevada al Parlamento. Éste rechazó la propuesta pero bajo la presidencia Irlandesa el tema se ha retomado.
