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En los animales acuáticos, las branquias son los órganos respiratorios, mediante el cual asimilan el oxígeno del aire disuelto en el agua.
El agua es aspirada por la boca; simultáneamente, el opérculo se cierra para prevenir que el agua se salga. Después cierra la boca y los músculos de los lados de la boca, de la faringe y de la cavidad opercural se contraen para bombear el agua hacia dentro, sobre las branquias, y luego hacia fuera a través del opérculo. Algunos peces, como el tiburón peregrino, se limitan a nadar con la boca abierta, de manera que el agua siga fluyendo a través de las branquias.
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