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La botánica especial, se refiere a los individuos en particular y a las entidades que componen como tales.
La botánica especial se subdivide en Botánica sistemática, que estudia las relaciones filogenéticas que existen entre las distintas entidades botánicas, Geobótanica, que estudia la distribución de los vegetales en el mundo y las relaciones entre las plantas y el entorno geológico, la Ecología vegetal, que estudia el medio ambiente de las plantas, y Teratología vegetal, que estudia las malformaciones que pueden sufrir las plantas.
